Göreve geldiğinde Yapı İşleri Teknik Daire Başkanlığı kadrosu kendisinde bulunan Ali Murat Filiz’i Genel Sekreterliğe bağlı hiçbir yer göstermeden koordinatör olarak görevlendiren Rektör Ahmet Kutluhan, sırasıyla Bülent Şahan ve ardından halen bu görevi yürüten Açık Öğretim İktisat Fakültesi mezunu olup Yapı İşleri Daire Başkanlığıyla ilgili hiçbir bilgi ve teknik donanımı olmayan Bilal Bozoğlu’nu Yapı İşleri Teknik Daire Başkanı olarak atadı.

Genel Sekreter Tamer Ceylan’ın fiili olarak göreve başlamasıyla birlikte kimi daire başkanlıklarında görev değişiklikleriyle beraber bazı daire başkanlarının asli kadroları da usulsüz ve hukuksuz bir biçimde ellerinden alınmaya başlandığı da bundan sonra başladı.

Yapı işleri Daire başkanlığı kadrosu kendisinde olup teknik donanımı ve bilgi-becerisi bakımından da yeterli olan Ali Murat Filiz’in asli kadrosu elinden alınmak üzere Genel Sekreter Tamer Ceylan ve Genel Sekreter Yardımcı Vekili ve Yapı İşleri Daire Başkan Vekili de olan Bilal Bozoğlu tarafından hiç de yerinde tespit yapılmadan yaklaşık olarak 23 gün boyunca görev yerine gelmediği gerekçesiyle müstafi durumuna düşürülmeye çalışıldığı da Üniversite camiasında konuşulan  iddialar arasında.

Genel Sekreter Tamer Ceylan ve Bilal Bozoğlu tarafından yerine gidilerek tespit edilmeden ve yasa gereği üç iş günü içinde ilgili kişiye bir bildirim yapmadan işe gelmediğine ilişkin bizzat kişilerin ıslak imzaları bulunan sonradan bir matbu evrak düzenlendiği daha önceleri de çeşitli biçimlerde iddia edilmişti.

Müstafi duruma düşürülmeye çalışılan Ali Murat Filiz’e rektör Kutluhan tarafından hiç de hukuki temeli olmayan bazı soruşturmalar açıldığı da son gelen iddialar arasında.

Tüm bu usulsüzlük, hukuksuzluk ve yıldırma derecesine vardığı söylenen görevlendirme ve soruşturmalar karşısındaysa Ali Murat Filiz, Rektör Kutluhan tarafından sonradan usulsüz bir biçimde görevlendirilen Güç Sistemleri Araştırma ve Uygulama Merkezine koordinatör olarak yapılan görevlendirmesinin iptalinin yürütmesinin durdurması istemiyle Denizli İdare mahkemesine açtığı davayı kazandı.