1901’de Doğu Türkistan'ın Kaşgar vilayetine bağlı Yenihisar kazasında dünyaya gelen Alptekin, Öğrenimini Doğu Türkistan'da tamamlamasının ardından değişik memuriyet görevlerinde bulundu.

Çin Hükümetini Uyardı

1926 senesinde Batı Türkistan'a geçip burada milli mücadele taraftarları ile iletişime geçti. 1931'de Hoca Niyaz tarafından başlatılan ayaklanma esnasında Doğu Türkistan'daki valilerin halka yaptıkları zulmü Çin hükümetine anlatıp, bu durumun önlenmesini, aksi takdirde ayaklanmanın yayılacağını, Rusya'nın işgalinin söz konusu olacağını anlattı. Ayaklanma sırasında ve sonrasında milliyetçilik faaliyetlerini sürdürdü.

1936 senesinde Çin Meclisi üyeliğine de seçildi. Mücadelesini daha çok siyasi alanda yoğunlaştırdı. 1944'de İli'de başlayan ayaklanma sonucu kurulan hükümete girmesini İlililer istemediler. Ama 3 sene sonra Doğu Türkistan Hükümeti'nin başkanlığı Türkler'e verildiğinde hükümetin genel sekreterliğine getirildi. Bir seneden fazla kaldığı bu görev sırasında, milliyetçi, anti-emparyalist ve anti-komünist politikalar sebebi ile Rusya'nın ve Çin'in tepkilerini üzerine çekti.

İstanbul'da Doğu Türkistan Göçmenler Cemiyeti'ni Kurdu

1949'da Çin'in Doğu Türkistan'ı işgaliyle beraber o günkü Hindistan'ın Keşmir eyaletine iltica etti. 1954 senesinde Türkiye'ye geçti. Türkiye'ye gelir gelmez İstanbul'da Doğu Türkistan Göçmenler Cemiyeti'ni kurarak, bundan sonraki faaliyetlerini Doğu Türkistan davasının dünya kamuoyuna anlatılmasında yoğunlaştırdı. Yabancı ülke yöneticileri nezdinde olduğu kadar Türkiye hükümetleri nezdinde de Doğu Türkistan davasının anlatılması için mücadele verdi. Parti liderleriyle görüştü. Başbakan ve cumhurbaşkanlarıyla görüştü.

Bu günden itibaren Doğu Türkistan Türkleri'nin durumunu bütün dünyaya anlatmaya devam etti. Bütün ömrünü bu konuya vakfetti.

İsa Yusuf Alptekin 17 Aralık 1995 gecesi vefat etti.