Bu süreçte Türkeş ve 218 ülkücünün idamı istendi. Türkeş, 9 Nisan 1985’de tahliye oldu ve beraat etti.  Türkeş, 1987’de siyaset yapma yasağının kalkmasının ardından Milliyetçi Çalışma Partisi (MÇP) olağanüstü kongresinde partinin Genel Başkanı oldu. Türkeş, 1991 yılındaki genel seçimlerde MÇP’nin RP ve IDP ile yaptığı seçim ittifakı neticesinde Yozgat milletvekili seçildi.  1992’de 12 Eylül’ün kapattığı partilerin tekrar açılabilmesine ilişkin değişikliğin ardından MHP’nin son kurultay delegeleri, MHP’nin isim ve amblemini MÇP’nin kullanabilmesine karar verdi. Bu çerçevede 1992’de yapılan MÇP’nin 4. Olağanüstü kurultayında partinin adı MHP, amblemi üç hilal olarak değiştirildi.

12 Eylül sonrası dönem

1987’de siyaset yasağının kalkmasıyla birlikte Milliyetçi Çalışma Partisi’ne girdi ve aynı yıl yapılan olağanüstü kongrede genel başkanlığa seçildi. 1991 genel seçimlerinde Refah Partisi ve Islahatçı Demokrasi Partisi ile seçim ittifakı yapan MÇP lideri Türkeş, Yozgat milletvekili olarak yeniden parlamentoya girdi. Bu sırada 1992’de 12 Eylül darbesi ile kapatılmış olan partilerin eski adlarını alması hakkında Siyasi Partiler Kanunu’nda yapılan değişiklikle MÇP’nin ismi de 1993 yılında MHP olarak değiştirildi. 1995 genel seçimlerinde parlamento dışı kalan Türkeş, bu dönemde uzlaşmacı bir lider olarak ülke siyaseti üzerinde en etkili siyasetçi oldu. Türkeş, 9 Işık başta olmak üzere siyasi ve tarihi görüşlerini içeren kitaplar yazdı.

12 Eylül 1980 Askerî Darbesi ile tutuklanan Alparslan Türkeş Bey, 2.168 gün süren 587 sanıklı MHP ve Yan/Ülkücü Kuruluşlar Davası’nın 7 Nisan 1987 tarihli duruşmasında 144 kişi ile birlikte beraat etmiştir.Beraat ettikten sonra siyasi yasakların da kaldırılmasıyla birlikte Türkeş Bey, 4 Ekim 1987’de Milliyetçi Çalışma Partisi Genel Başkanlığı’na seçilmiştir. 20 Ekim 1991’de yapılan milletvekili genel seçimlerinde Milliyetçi Çalışma Partisi, Refah Partisi ve Islahatçı Demokrasi Partisi ile seçim ittifakı yapmış[20];bu ittifak neticesinde Türkeş Bey de bu kez Yozgat milletvekili olarak TBMM’ye girmiştir.